Formulário Online para Inscrições no Evento, Mini-Cursos e Submisssão de Resumos para Poster Científico.

Para os que não forem submeter resumos, não há data limite para inscrições no evento e mini-cursos. No entanto, temos um limite máximo de participante para o evento, de forma que atenderemos os inscritos por ordem de inscrição (verifique a aba dos minicursos com detalhes sobre os critérios de seleção para os minicursos práticos (que possuem vagas limitadas).

Data limite para inscrição com submissão de resumos para poster científicos: 15 de Junho

 

O Centro de Terapia Celular – CTC , um Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPID da FAPESP , irá realizar o “2º Encontro Brasileiro de High Content Screening, no Hemocentro de Ribeirão Preto , de 15 a 19 de Julho de 2019.

O evento tem por objetivo divulgar abordagens de triagens funcionais baseadas em ensaios celulares em placas (utilizando, por exemplo, siRNAs, microRNAs, CRISPR ou drogas), assim como, métodos de análise celular multiparamétrica baseados em microscopia de fluorescência quantitativa automatizada (ou High Content Screening/Analysis – HCS/A).

O evento contará, nos dias 15 e 16, com um total de oito (8) palestras científicas (3 internacionais), além de mais duas mesas redondas com outros cinco (5) palestrantes. Nos dias 17, 18 e 19, o evento contará com três (3) mini-cursos.

O primeiro mini-curso será aberto a todos os interessados e abordará todos os conceitos básicos e aspectos práticos envolvidos na realização de ensaios celulares funcionais em placas (usando siRNAs, microRNAs ou CRISPR) voltados para quantificação por microscopia de fluorescência utilizando equipamentos de HCS (ou mesmo, por outras técnicas, utilizando outros leitores de placas). Os outros dois mini-cursos (práticos) serão para um grupo selecionado de participantes, que aprenderão a utilizar softwares gratuitos (open-souce) que lhes permitirão analisar quantitativamente imagens de microscopia, bem como classificar automaticamente, células com fenótipos de seu interesse.

Apoio e coordenação: O evento, coordenado pelo Dr. Rodrigo A. Panepucci, é gratuito e conta com Auxílio Financeiro à Projeto Educacional e de Pesquisa (AUXPE), no âmbito do Programa de Apoio a Eventos no País (PAEP) da Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), referente ao Edital No 29/2018 (Processo: 88881.289310/2018-01).

Saiba mais sobre o High Content Screening: https://youtu.be/csjkJva1B0Q

 

Local:
Hemocentro de Ribeirão Preto
Rua Tenente Catão Roxo, 2501. Ribeirão Preto,SP
(Entrada pela rua Prof. Hélio Lourenço. Ver no Google Mapas.)

Informações:
Amanda Corveloni (email: accorveloni@gmail.com) ou
Felipe Canto de Souza (email: cantodesouzafelipe@gmail.com)
Laboratório de Biologia Funcional
Hemocentro de Ribeirão Preto

Auxílio Financeiro à Projeto Educacional e de Pesquisa (AUXPE), no âmbito do Programa de Apoio a Eventos no País (PAEP) da Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), referente ao Edital No 29/2018 (Coordenador: Rodrigo A. Panepucci; Processo: 88881.289310/2018-01).Auxílio Financeiro à Projeto Educacional e de Pesquisa (AUXPE), no âmbito do Programa de Apoio a Eventos no País (PAEP) da Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), referente ao Edital No 29/2018 (Coordenador: Rodrigo A. Panepucci; Processo: 88881.289310/2018-01).

O Tema do Evento

Com o crescente uso de múltiplas abordagens de genômica funcional, uma quantidade enorme de genes e seus produtos (mRNAs, lncRNAs, microRNAs e proteínas) vem sendo identificados como estando potencialmente envolvidos nos mais diversos processos fisiológicos e patológicos. No entanto, o real envolvimento funcional destes fatores nestes processos, só pode ser demonstrado por meio de experimentos que envolvam, por exemplo, abordagens de ganho ou perda de função. Neste sentido, abordagens como a de RNA de interferência (RNAi), com o uso de vetores para a expressão de shRNAs (short hairpin RNAs) ou a introdução direta de moléculas sintéticas de siRNAs (small interfiring RNAs) nas células podem levar à clivagem de um mRNA alvo específico, levando à perda (redução) de sua função. Por outro lado, vetores de expressão podem ser usados para super-expressar um dado cDNA, levando ao ganho(aumento) de função. Da mesma forma, vetores de expressão ou moléculas sintéticas podem ser utilizadas para levar ao ganho ou perda de função de microRNAs. Mais recentemente, a técnica de edição genômica por CRISPR tem permitido eliminar por completo a expressão de genes numa célula, ou até mesmo ativar sua expressão (CRISPRa).

Apesar do grande número de candidatos identificados pelas abordagens de genômica funcional, poucos são efetivamente investigados e validados, principalmente, por falta de abordagens capazes de sistematizar sua avaliação funcional de forma rápida e economicamente viável. Assim, fica claro que a validação funcional destes candidatos passa a ser o grande gargalo para o avanço da ciência, tanto do ponto de vista da pesquisa básica, como aplicada. Neste contexto, abordagens capazes de sistematizar a avaliação funcional destes numerosos candidatos em diferentes contextos biológicos, passaram a atrair o interesse da comunidade cientifica internacional, tanto no setor público (nas universidades e institutos de pesquisa) como no setor privado (nas indústrias farmacêuticas e biotecnológicas).

O desenvolvimento de abordagens baseadas na automação de ensaios em placa (de 96, 384, ou até 1536 poços), permitiu a realização de triagens em larga-escala (High Troughput Screening – HTS) com custos cada vez menores por condição avaliada, em função dos volumes de reagentes cada vez menores (Fischer and Heyse 2005, Mayr and Bojanic 2009).

Tendo em visto o custo total das grandes campanhas de screening, as abordagens de HTS se desenvolveram inicialmente na indústria farmacêutica, com screenings em busca de compostos com potencial terapêutico. No entanto, a disponibilidade de bibliotecas contendo coleções genômicas globais de elementos genéticos individualizados em placas (como siRNAs, microRNAs, ou cDNAs), a redução dos custos de equipamentos de automação, a possibilidade de aquisição de sub-coleções e realização de triagens focadas até mesmo manualmente (com pipetas multicanal), vem facilitando a aplicação destas abordagens em média escala e a custos acessíveis, revolucionando a biologia moderna também no ambiente acadêmico (Xia and Wong 2012).

Muitos screenings se baseiam em métodos bioquímicos de detecção como, por exemplo, os ensaios de proliferação ou viabilidade celular, quantificados nos ensaios de MTT ou XTT, utilizando espectrofotômetros de placas. Outros ensaios podem utilizar construções com genes repórteres como GFP ou Luciferase, sendo quantificados com fluorímetros ou luminómetros, respectivamente. Estes ensaios, no entanto, são capazes de avaliar apenas um único parâmetro por meio de medidas que equivalem a uma resposta média da população celular. Este tipo de abordagem restringe o conteúdo de informação adquirido e impede a quantificação de alterações morfológicas e fenotípicas ao nível celular; NCBI Assay Guidance Manual (2004) (Figura 1).

Figura 1. Triagens funcionais em placas e seus diferentes métodos de quantificação. A figura ilustra na parte superior, ensaios bioquímicos baseados em proteínas isoladas ou ensaios celulares com “readouts” de um único valor, representando a população celular inteira contida no poço, que podem ser utilizados para campanhas de High-Troughput Screening. Na parte inferior, estão representados os ensaios de High-COntent Screening, que permitem a coleta de múltiplos parâmetros descrevendo a população, ou até mesmo, análises ao nível de uma única célula. Veja descrição no texto. Modificado de (Xia and Wong 2012).

Por outro lado, os métodos de High Content Screening/Analysis (ou ainda, Análise Celular Multiparamétrica por Microscopia de Fluorescência Quantitativa) se baseiam na aquisição automatizada de imagens de microscopia de fluorescência de células dispostas em placas, acoplada ao processamento e análise computacional das imagens; permitindo a avaliação qualitativa e quantitativa de um grande número de condições experimentais. Ainda, a aquisição dos dados derivados de um grande número de células, a partir de poucas imagens de um único poço, permite a utilização de um número reduzido de células por condição experimental, levando a uma enorme redução dos custos (em função do pequeno volume de reagentes utilizados). Importantemente, os instrumentos de HCS podem fornecer informações funcionais e morfométricas de células individuais dentro de populações heterogêneas, e em momentos diferentes, permitindo que as células sejam avaliadas dinamicamente (Terjung, et al 2010).

Os Instrumentos de HCS podem utilizar diversas combinações de filtros de excitação e emissão (detecção), permitindo que vários reagentes fluorescentes (corantes, anticorpos, proteínas, etc) possam ser detectados na mesma amostra. O principio básico da análise das imagens geradas consiste inicialmente, na demarcação do(s) compartimento(s) celular(es) de interesse (núcleo, membrana, citoplasma, organelas), utilizando corantes detectados em um determinado canal de fluorescência. Estas regiões são identificadas por algoritmos que segmentam a imagem, de maneira que os sinais derivados de diferentes reagentes possam ser quantificados de forma independente nas diferentes regiões estabelecidas. A possibilidade de detectar a expressão e os padrões de localização sub-celular de diferentes proteínas, permite que os mais diversos fenômenos moleculares e biológicos sejam observados e quantificados, conferindo um potencial enorme a esta abordagem (Figura 2).

Um critério fundamental para o sucesso de screenings em larga-escala é a capacidade de automação do processo, de forma a reduzir a variação experimental e garantir a reprodutibilidade dos ensaios, permitindo a quantificação de milhares de condições experimentais em paralelo. Os Screenings de HCS podem ser divididos em cinco fases; três fazes experimentais e outras duas voltadas à análise das imagens e dos dados.

A primeira fase compreende a padronização e realização dos ensaios onde as células em cultura são submetidas a todas as condições sendo avaliadas. Uma vez escolhido o modelo experimental, ou seja, o tipo celular a ser utilizado nos ensaios (culturas primárias ou linhagens estabelecidas), as células devem ser expandidas e as condições de cultivo ideais para a realização dos ensaios nas placas de cultivo devem ser estabelecidas. Esta fase envolve o manuseio (em condições assépticas) das bibliotecas genéticas (por exemplo, siRNAs, pre-miRs) ou de compostos químicos (sintéticos, naturais ou drogas, etc), das células e dos reagentes de transfecção. Esta fase depende largamente do uso de Robôs Pipetadores e/ou Dispensadores de Líquidos Automatizados que, entre outras funções, irão auxiliar na ressuspensão, na diluição, e na reformatação da biblioteca, de placas de 96 para as placas de 384 poços (utilizadas no screening). Adicionalmente, estes equipamentos são utilizados para distribuição de Reagentes de Transfecção e das células utilizadas nos ensaios.

A segunda fase envolve o preparo das células para obtenção da imagem no equipamento de HCS (similar à microscopia de fluorescência). Esta etapa depende igualmente de automatização, no entanto, voltada para a distribuição de Reagentes de Fixação, Permeabilização e Marcação; assim como Tampões para as Lavagens entre as incubações com os diferentes reagentes. Além dos Robôs Pipetadores e/ou Dispensadores Automáticos de Reagentes, Lavadores de Placa são fundamentais nesta etapa.

A terceira fase é voltada à aquisição das imagens provenientes de cada uma das condições (poços) do screening, pelos Equipamentos de HCS (ou Microscópios de Fluorescência). A aquisição é feita de forma sistemática seguindo parâmetros previamente estabelecidos (aumento da objetiva, posição e número de imagens adquiridas por poço, filtros de excitação e emissão dos canais de aquisição, etc.), de forma a permitir a comparação entre as diferentes condições avaliadas. Os equipamentos de HCS (assim como alguns microscópios) são controlados por softwares nativos com a capacidade de gerenciar e automatizar toda a rotina de aquisição da imagem, incluindo a determinação do foco, tempo de exposição, etc.

Na quarta fase, as imagens são analisadas de forma a definir as regiões de interesse (segmentação da imagem) para então proceder à quantificação dos diferentes marcadores nos diferentes compartimentos sub-celulares sendo estudados (Figura 2). Os softwares com esta capacidade também são parte integral dos sistemas de HCS, no entanto, além dos softwares nativos do sistema de HCS, existem softwares não comerciais capazes de lidar com imagens adquiridas por diferentes equipamentos, como o software open-source (livres) CellProfiler (http://cellprofiler.org/) (Kamentsky, et al 2011, McQuin, et al 2018), entre outros.

Figura 2. Imagens de microscopia de fluorescência submetidas a algumas analise quantitativas ilustrativas, utilizando o software CellProfiler. A) Imagem em tons de cinza de células da linhagem de carcinoma embrionário NTera-2 coradas com Hoechst (DNA/Núcleo) e CellMask Blue (Citoplasma). B) Imagem em tons de cinza das mesmas células coradas com um anticorpo contra o fator de transcrição nuclear OCT4. C) Composição em cores de ambos os canais de fluorescência em “A)” e “B)”, usando as cores azul e vermelho, respectivamente. D) “HeatMap” da imagem mostrada em “A)”, com tons variando de vermelho a azul, conforme a diminuição de intensidade da imagem. Note que o núcleo, corado intensamente com Hoechst, aparece em vermelho; enquanto o citoplasma corado medianamente com CellMask Blue, aparece em amarelo; o background aparece em azul. A distinção entre os níveis de intensidade, permite que o software segmente e identifique núcleo e citoplasma (ambos delineados na imagem). E) Máscara com a segmentação das células em seus objetos primários (núcleo) e secundário (célula inteira), obtida com base em “D)”. F) Imagem em “A)” com as máscaras dos núcleos e o valor da área nuclear (em pixels). G) Imagem em “A)” com as máscaras das células e o valor da área total celular (em pixels). H) Imagem em “C)”, com núcleo e citoplasma delineados em branco, e com a intensidade integrada de OCT4 indicada (soma da intensidade de todos os pixels da imagem em “B)”, contidos na área do núcleo), a qual corresponde ao nível de expressão de OCT4 ao nível de uma única célula.

 

Na quinta fase, os dados oriundos de todas as quantificações são submetidos a análises computacionais (matemáticas e estatísticas), de forma a identificar as condições experimentais com efeitos funcionais relevantes. Algumas abordagens permitem que fenótipos celulares específicos sejam identificados e que sua frequência populacional seja calculada. As abordagens “não supervisionadas” são baseadas em algoritmos de clusterização, que agrupam células (não rotuladas) com base na similaridade de seus perfis fenotípicos multiparamétricos. Por sua vez, as abordagens “supervisionadas” baseiam-se principalmente em algoritmos de aprendizado de máquina (Machine Learning), onde um especialista humano classifica um conjunto reduzido de células com os fenótipos desejados, a fim de treinar o algoritmo, o qual pode então classificar automaticamente todas as células no screening. Dentre outros, o software CellProfiler Analyst (https://cellprofiler.org/cp-analyst/) integra-se ao software CellProfiler, permitindo facilmente que os usuários realizem classificações supervisionadas com base em algoritmos distintos de aprendizado de máquina (Dao, et al 2016, Jones, et al 2009).

Referencias

 

(2004) In: Assay Guidance Manual (ed. by Sittampalam, G.S., Coussens, N.P., Brimacombe, K., Grossman, A., Arkin, M., Auld, D., Austin, C., Baell, J., Bejcek, B., Caaveiro, J.M.M., Chung, T.D.Y., Dahlin, J.L., Devanaryan, V., Foley, T.L., Glicksman, M., Hall, M.D., Haas, J.V., Inglese, J., Iversen, P.W., Kahl, S.D., Kales, S.C., Lal-Nag, M., Li, Z., McGee, J., McManus, O., Riss, T., Trask, O.J., Jr., Weidner, J.R., Wildey, M.J., Xia, M. & Xu, X.), Bethesda (MD).

Dao, D., Fraser, A.N., Hung, J., Ljosa, V., Singh, S. & Carpenter, A.E. (2016) CellProfiler Analyst: interactive data exploration, analysis and classification of large biological image sets. Bioinformatics, 32, 3210-3212.

Fischer, H.P. & Heyse, S. (2005) From targets to leads: the importance of advanced data analysis for decision support in drug discovery. Curr Opin Drug Discov Devel, 8, 334-346.

Jones, T.R., Carpenter, A.E., Lamprecht, M.R., Moffat, J., Silver, S.J., Grenier, J.K., Castoreno, A.B., Eggert, U.S., Root, D.E., Golland, P. & Sabatini, D.M. (2009) Scoring diverse cellular morphologies in image-based screens with iterative feedback and machine learning. Proc Natl Acad Sci U S A, 106, 1826-1831.

Kamentsky, L., Jones, T.R., Fraser, A., Bray, M.A., Logan, D.J., Madden, K.L., Ljosa, V., Rueden, C., Eliceiri, K.W. & Carpenter, A.E. (2011) Improved structure, function and compatibility for CellProfiler: modular high-throughput image analysis software. Bioinformatics, 27, 1179-1180.

Mayr, L.M. & Bojanic, D. (2009) Novel trends in high-throughput screening. Curr Opin Pharmacol, 9, 580-588.

McQuin, C., Goodman, A., Chernyshev, V., Kamentsky, L., Cimini, B.A., Karhohs, K.W., Doan, M., Ding, L., Rafelski, S.M., Thirstrup, D., Wiegraebe, W., Singh, S., Becker, T., Caicedo, J.C. & Carpenter, A.E. (2018) CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology. PLoS Biol, 16, e2005970.

Terjung, S., Walter, T., Seitz, A., Neumann, B., Pepperkok, R. & Ellenberg, J. (2010) High-throughput microscopy using live mammalian cells. Cold Spring Harb Protoc, 2010, pdb top84.

Xia, X. & Wong, S.T. (2012) Concise review: a high-content screening approach to stem cell research and drug discovery. Stem Cells, 30, 1800-1807.

Programação do Evento

Tendo em vista a enorme diversidade de aplicações das técnicas de HCS, o nosso evento visa, entre outras finalidades, ilustrar algumas de suas muitas aplicações. Cada um dos dois primeiros dias do evento contarão com 4 palestras científicas (45min + 15min para perguntas) e uma mesa redonda ao fina do dia que contará com mais 4 palestrantes (20min cada + 25min para perguntas e discussão).

Na Segunda-Feira (dia 15 de Julho), a abertura do evento se dará com a Dra. Lygia da Veiga Pereira (do Laboratório Nacional de Células-Tronco Embrionárias-LaNCE, IB-USP, São Paulo-SP), a qual apresentará a palestra intitulada “Pluripotent Stem Cells and Drug Development”, tratando de maneira ampla e abrangente sobre a importância das células tronco de pluripotencia (iPSCs) induzida no desenvolvimento de novas drogas e, logo após, teremos uma Palestra Técnica de um dos Patrocinadores Dimante (45min). Após uma breve pausa para o café, o Dr. Daniel Furtado Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (Rio de Janeiro - RJ), liderado pelo Dr. Steven Rehen, apresentará a palestra intitulada "iPSCs as models for neurological diseases", descrevendo as abordagens do grupo utilizando organóides de células neurais (mini-cérebros). Durante o almoço, teremos a apresentação de pôsteres selecionados dentre os participantes. Após o almoço, o Dr. Rodrigo Alexandre Panepucci (coordenador do evento), do Laboratório de Biologia Funcional do Hemocentro de Ribeirão Preto, apresentará a palestra intitulada “microRNA Functional Screens in Pluripotency and Cancer”, descrevendo as investigações do grupo voltadas ao entendimento da função de diferentes microRNAs na manutenção da pluripotência de células-tronco embrionárias, assim como na sobrevivência, proliferação e transição-epitélio-mesenquimal de linhagens tumorais. Logo em seguida, o Dr. Miguel Mano, do Centro de Neurociências e Biologia Celular (CNC) da Universidade de Coimbra (Portugal) apresentará a palestra intitulada "Shedding light on gene and microRNA function using High-Content Screening", na qual apresentará seus mais recentes estudos envolvendo a avaliação funcional sistemática de todos os microRNAs humanos descritos, assim como as estratégias de identificação de seus alvos e mecanismos de ação.

Após uma pausa para o café, teremos uma Mesa Redonda com o tema “The Challenges of Extracting Relevant Knowledge in Complex Systems: From Functional Genomics to Functional Biology”. A mesa redonda, coordenada pelo Dr. Miguel Mano, abordará o desafio de se extrair conhecimento relevante em sistemas complexos, tanto em contextos normais como patológicos. Em particular, esta mesa redonda discutirá como tornar as abordagens de HCS mais acessíveis, de forma a disseminar seu uso como mais uma ferramenta acessível para a validação funcional de candidatos identificados in silico, em bases de dados ou experimentalmente, por abordagens de genômica funcional. Neste contexto, o Dr. Wilson Araújo da Silva Junior (Centro de Medicina Genômica - CMG, FMRP-USP), apresentará a palestra intitulada “Functional Genomics as a Tool for Biological Discovery and Target Identification”, na qual abordará o uso da genômica funcional na identificação de candidatos alvos no câncer para terapias. A Dra. Vanessa da Silva Silveira (Departamento de Genética, FMRP-USP), apresentará a palestra "CRISPR Focused Screen Identifies Regulator of gemcitabine response in pancreatic carcinoma cell lines", descrevendo seus screenings genéticos usando CRISPR focados no papel da família DUSP em câncer. Na mesma linha, o Dr. Ildercílio Mota de Souza Lima (Hemocentro de Ribeirão Preto) apresentará a palestra intitulada "Identification of Targets and Pathways Modulated by MicroRNAs in Pluripotency and Differentiation", apresentando seu recente trabalho envolvendo screenings funcionais utilizando microRNAs sintéticos para identificação de alvos e vias comumente moduladas por microRNAs induzindo perfis fenotípicos multiparamétricos similares em células-tronco embrionárias.

Na Terça-Feira (dia 16), iniciaremos o dia com a palestra do Dr. Lucio Freitas Junior (USP São Paulo) que apresentará a palestra intitulada "Challenges in HCS and Drug Discovery for Neglected Diseases". Após a palestra técnica de um dos patrocinadores Diamante, o Dr. Allen Goodman (Imaging Platform, Broad Institute of Harvard and MIT, Boston – USA) apresentará a palestra intitulada “A web application for classifying biological objects in images", no qual apresentará pela primeira vez a nova plataforma de classificação fenotípica celular (baseada em aprendizado de máquina), sucessora do software CellProfiler Analyst. Após a apresentação de pôsteres e do almoço, a Dra. Ana Marisa Chudzinski-Tavassi (CENTD, Butantã, São Paulo-SP) apresentará a palestra intitulada “Centre of Excellence in New Target Discovery- CENTD”, na qual falará sobre o CENTD (http://centd.butantan.gov.br). Uma pesquisa colaborativa entre universidade e indústria (coordenada por ela), fruto de uma parceria do Instituto Butantan com a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) e com a Farmacêutica GlaxoSmithKline (GSK), que tem por objetivo validar alvos terapêuticos para doenças inflamatórias que possibilitem a criação de novos fármacos baseados em produtos naturais, como venenos e secreções animais. Em seguida, a Dra. Elaine Del Nery (Paris - France) apresentará a palestra intitulada "Quantitative phenotypic assays as a valuable asset for basic and translational research programs", na qual falará sobre os projetos desenvolvidos na plataforma BioPhenics do Institut Curie, voltados para a identificação de alvos e potenciais abordagens terapêuticas.

Após uma pausa para o café teremos a ultima Mesa Redonda do evento, que tratará do tema “The Challenges of Drug Development: Target-Based Versus Cell-Based Assays”, coordenada pelo Dr. Lucio Holanda Gondim de Freitas Junior (USP - São Paulo), cujo tema abordará a interface entre as abordagens de triagens para buscas de novos fármacos baseadas em alvos específicos (Target-Based) e aquelas baseadas em ensaios fenotípicos celulares (Cell-Based). Em particular, esta mesa redonda discutirá alternativas para agilizar e reduzir custos na busca de novos medicamentos, ou de novas doenças para velhos medicamentos (drug repurposing). Em especial, será discutido como as abordagens de triagens virtuais, direcionadas a candidatos a alvos terapêuticos, podem ser utilizadas para limitar o conjunto de compostos a serem avaliados por ensaios celulares de HCS (mais relevantes funcionalmente), de forma a reduzir os custos na busca por novos medicamentos. Neste contexto, o Dr. Adriano Defini Andricopulo (IFSC-USP), coordenador de Transferência de Tecnologia e membro do Comitê Executivo do Centro de Pesquisa e Inovação em Biodiversidade e Fármacos-CIBFar (http://cibfar.ifsc.usp.br/, um CEPID/FAPESP), ministrará a palestra intitulada “Integrating Virtual and Biological Screenings”, na qual abordará as estratégias de screening virtuais e bioquímicos direcionados a alvos específicos. Na sequencia, a Dra. Carolina Borsoi Moraes (ICB II - USP São Paulo), ministrará a palestra intitulada “Phenotypic Screening in Drug Repurposing and Chemical Biology for Neglected Tropical Diseases”, na qual tratará de abordagens utilizando High-Content Screening para o reposicionamento de drogas (identificação de aplicações diferentes das quais elas foram originalmente aprovadas), bem como para a identificação e avaliação de novos compostos com potencial farmacológico.

Em seguida se dará o encerramento do ciclo de palestras. No entanto, nos próximos três dias do evento ainda serão ministrados três mini-cursos gratuitos, nos quais participantes selecionado terão a oportunidade de aprender a planejar experimentos voltados à microscopia quantitativa (dia 17), quantificar múltiplos parâmetros morfométricos celulares de imagens de microscopia usando o software CellProfiler (dia 18), assim como, aprender a classificar (de forma automatizada) células com fenótipos específicos utilizando o recém-desenvolvido software de aprendizado de maquina dos desenvolvedores do software CellProfiler.

Na Quarta-Feira (dia 17), o Dr. Miguel Mano ministrará o mini-curso intitulado “Screening 101: from basic concepts to practical aspects of implementing RNAi and CRISPR screenings, o qual estará aberto para todos os participantes interessados. Importantemente, este mini-curso (com duração de um dia inteiro) apresentará desde os conceitos teóricos básicos até os aspectos práticos envolvido na implementação de triagens funcionais utilizando RNAs de interferência (RNAi), assim como a moderna abordagem de CRISPR. Este curso servirá como um “Primer” para que seus participantes desenvolvam projetos utilizando HCS em colaboração com as diversas facilities já equipadas com equipamentos de HCS ou automação ou, ainda, para que eles desenvolvam experimentos mais focados em seus próprios laboratórios.

Na Quinta-Feira (dia 18), a equipe do Dr. Rodrigo Panepucci ministrará o mini-curso Prático intitulado Image Segmentation and Quantitation Using the Software CellProfiler”, no qual os participantes selecionados poderão instalar o software CellProfiler em seus computadores pessoais (Lap-Tops) e utilizar imagens de imunofluorescência para aprender a criar (utilizando uma interface gráfica amigável) uma pipeline para segmentar núcleo e citoplasma das células, para então quantificar os mais variados parametros morfométricos, assim como de intensidade de marcadores específicos, nos diferentes compartmentos subcelulares. Este curso servirá como um “Primer” para que seus participantes extraíam informações quantitativas de imagens de microscopia de fluorescência, tanto de microscópios usuais como derivados de equipamentos de HCS.

Na Sexta-Feira (dia 19), o Dr. Allen Goodman, Engenheiro Sênior do grupo criador dos Softwares CellProfiler e CellProfiler Analyst (Anne Carnpenter`s Lab, Broad Institute Imaging Platform, Harvard e MIT, Boston-EUA) ministrará o mini-curso Prático intitulado Automated Cell Classification using a Machine-Learning Software”. Este mini-curso inédito apresentará em primeira mão, o novo software open-souce (totalmente remodelado e com novas funcionalidades) sucessor da plataforma CellProfiler Analyst. Este software de classificação phenotípica celular por aprendizado de máquina permite a contagem automatizada de células com fenótipos de seu interesse, bastando que o usuário treine o software utilizando uma interface gráfica intuitiva e amigável.

Cronograma do “2º Encontro Brasileiro de High Content Screening”

Time

Monday

(July 15)

Tuesday

(July 16)

Wednesday

(July 17)

Thursday

(July 18)

Friday

(July 19)

8:00 - 9:00

Reception and Meeting Opening (8:30):

Dr. Rodrigo A. Panepucci

Reception

Short-Course:

Dr. Miguel

Mano

 

“Screening 101: from basic concepts to practical aspects of implementing RNAi and CRISPR screenings”

 

Short-Course:

Dr. Rodrigo Panepucci

 

“Image Segmentation and Quantitation Using the Software CellProfiler”

 

Short-Course:

Dr. Allen Goodman

 

“Automated Cell Classification using a Machine-Learning Software”

 

9:00 - 10:00

(Scientific Talks)

“Pluripotent Stem Cells and Drug Development”

Dra. Lygia da Veiga Pereira (Laboratório Nacional de Células-Tronco Embrionárias-LaNCE, IB-USP, São Paulo-SP)

"Challenges in HCS and Drug Discovery for Neglected Diseases"

Dr. Lucio Freitas Junior (Universidade de São Paulo - USP, São Paulo-SP)

10:00 - 10:45

(Technical Talks)

Technical Talk:

(Diamond Sponsor) Thermo Scientific

Technical Talk:

(Diamond Sponsor) GE

10:45 - 11:00

Coffee Break

Coffee Break

Coffee Break (10:00 – 10:15)

11:00 - 12:00

(Scientific Talks)

"iPSCs as models for neurological diseases "

Dr. Daniel Furtado Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (Rio de Janeiro - RJ)

"A web application for classifying biological objects in images"

Dr. Allen Goodman (Imaging Platform, Broad Institute of Harvard and MIT, Boston – USA)

Short-Course Cont.

Short-Course Cont.

Short-Course Cont.

12:00 - 14:00

Lunch

(Poster Visitations)

Lunch

(Poster Visitations)

Lunch (12:00 - 14:00)

14:00 - 15:00

(Scientific Talks)

“microRNA Functional Screens in Pluripotency and Cancer”

Dr. Rodrigo Panepucci (Laboratório de Biologia Funcional, Hemocentro, Ribeirão Preto-SP)

Centre of Excellence in New Target Discovery”

Dra. Ana Marisa Chudzinski-Tavassi (CENTD, Butanta, São Paulo-SP)

Short-Course Cont.

Short-Course Cont.

Short-Course Cont.

15:00 - 16:00

(Scientific Talks)

"Shedding light on gene and microRNA function using High-Content Screening"

Dr. Miguel Mano (Centro de Neurociências e Biologia Celular-CNC, Universidade de Coimbra, Coimbra – Portugal)

"Quantitative phenotypic assays as a valuable asset for basic and translational research programs"

Dr. Elaine Del Nery Santos (Institut Curie, Paris - France)

16:00 -16:15

Coffee Break

Coffee Break

Coffee Break (16:00 -16:15)

16:15 - 18:00

(Round tables)

“The Challenge of Extracting Relevant Knowledge in Complex Systems: From Functional Genomics to Functional Biology”

 

“Challenges in Drug Screening: Target-Based Screening Vs Cell-Based Screening”

(Closing Ceremony)

Short-Course Cont.

Short-Course Cont.

Short-Course Cont.

Palestrantes

Internacionais

 

Miguel Mano

Group Leader at the Functional Genomics and RNA based Therapeutics Laboratory, Center for Neuroscience and Cell Biology (Coimbra, Portugal).

http://www.cnbc.pt/research/department_group_show.asp?iddep=1106&idgrp=1296&idseccao=&lg=1

 

Elaine Del Nery Santos

BioPhenics, Institut Curie Screening Facility (Paris - France)

https://biophenics.net/

 

 

Allen Goodman

Senior Software Engineer at the Imaging Platform, Broad Institute of Harvard and MIT (Boston – USA).

https://www.broadinstitute.org/imaging

https://cellprofiler.org/

 

Nacionais

 

Lygia da Veiga Pereira Carramaschi

Laboratório Nacional de Células-tronco Embrionárias (LaNCE; IB-USP). São Paulo – SP.

http://biologia.ib.usp.br/lance/index.php

 

 

Daniel Rodrigues Furtado

Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (Rio de Janeiro - RJ)

https://www.rehenlab.com/

 

 

Rodrigo Alexandre Panepucci

Centro de Terapia Celular, Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto (HC-FMRP-USP).

http://ctcusp.org/rodrigo-a-panepucci/

 

 

Lucio Holanda Gondim de Freitas Junior

Universidade de São Paulo, São Paulo-SP.

 

 

 

Ana Marisa Chudzinski-Tavassi

(CENTD, Butanta, São Paulo- SP)

http://centd.butantan.gov.br

Mesas Redondas

Mesa 1º dia: “The Challenge of Extracting Relevant Knowledge in Complex Systems: From Functional Genomics to Functional Biology”

Coordenador: Dr. Miguel Mano (Center for Neuroscience and Cell Biology, Coimbra, Portugal).

 

  • Wilson Araújo da Silva Junior

Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP-USP), Ribeirão Preto - SP.

            “Functional Genomics as a Tool for Biological Discovery and Target Identification”

 

  • Vanessa da Silva Silveira

Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP-USP), Ribeirão Preto - SP.

"CRISPR Focused Screen Identifies Regulator of gemcitabine response in pancreatic carcinoma cell lines"

 

  • Ildercílio Mota de Souza Lima

Centro de Terapia Celular-CTC, Hemocentro de Ribeirão Preto – SP.

"Identification of Targets and Pathways Modulated by MicroRNAs in Pluripotency and Differentiation"

 

 

 

Mesa 2º dia: “Challenges in Drug Screening: Target-Based Screening Vs Cell-Based Screening”

Coordenador: Lucio Holanda Gondim de Freitas Junior (Universidade de São Paulo, São Paulo-SP).

 

  • Adriano Defini Andricopulo

Centro de Pesquisa e Inovação em Biodiversidade e Fármacos-CIBFar (IFSC-USP), São Carlos - SP.

“Integrating Virtual and Biological Screenings”

 

  • Carolina Borsoi Moraes

Departamento de Microbiologia (ICB II), Universidade de São Paulo, São Paulo - SP.

“Phenotypic Screening in Drug Repurposing and Chemical Biology for Neglected Tropical Diseases”

Minicursos

As inscrições para o evento e para os minicursos serão feitas com formulário online.

 

1- “Screening 101: from basic concepts to practical aspects of implementing RNAi and CRISPR screenings”

Dr. Miguel Mano, Center for Neuroscience and Cell Biology (Coimbra, Portugal).

 

 

2- “Image Segmentation and Quantitation Using the Software CellProfiler”

Dr. Rodrigo Alexandre Panepucci, Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto (HC-FMRP-USP).

 

 

3- “Automated Cell Classification using a Machine-Learning Software”

Dr. Allen Goodman, Broad Institute Imaging Platform (Boston – USA).

 

 

Importante:

Todos os participantes dos minicursos 2 e 3 deverão trazer o seu próprio computador (laptop) para as práticas (ou se reunir com algum participante do curso que possua um). Os softwares deverão ser preferencilmenteinstalados previamente, seguindo as intruções que serão enviadas por email aos selecionados. Todos os participantes deverão ler a literatura recomendada com antecedência (a ser enviada juntamente com o aceite da inscrição nos minicursos). Conforme a procura, a seleção para os mini-cursos 2 e 3, será feita com base na potencial aplicabilidade das abordagens de microscopia quantitativa em seus projetos de pesquisa (a ser descrita no formulário de inscrição; ver link abaixo). Integrantes de grupos trabalhando ou iniciando na área de HCS serão preferencialmente selecionados.

Formulário Online para Inscrições no Evento, Mini-Cursos e Submisssão de Resumos para Poster Científico.

Organização do Evento


Coordenador

Rodrigo Alexandre Panepucci (Fundação Hemocentro De Ribeirão Preto)

 

Comissão Organizadora

Josiane Lilian Dos Santos Schiavinato (Universidade De São Paulo, Ribeirão Preto)

Vitor Leâo (Universidade De São Paulo, Ribeirão Preto)

Felipe Canto De Souza (Universidade De São Paulo, Ribeirão Preto)

Amanda Cristina Corveloni (Universidade De São Paulo, Ribeirão Preto)

Felipe Freitas De Castro (Universidade De São Paulo, Ribeirão Preto)

Péricles Natan Mendes Da Costa (Universidade De São Paulo, Ribeirão Preto)

 

Comitê Científico

Rodrigo Alexandre Panepucci (Fundação Hemocentro De Ribeirão Preto)

Wilson Araujo Da Silva Junior (Universidade De São Paulo, Ribeirão Preto)

Simone Kashima Haddad (Fundação Hemocentro De Ribeirão Preto)

 

Apoio (Recursos Audio Visuais)

Hugo Saponi Caldato (Fundação Hemocentro De Ribeirão Preto)

Luis Henrique Rimel (Fundação Hemocentro De Ribeirão Preto)

Patrocinadores Diamante:

 

Patrocinador Ouro: